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ADN en bits y bytes

MARTIN LEACH
CURAGEN CORP.

ESTADOS UNIDOS

Todavía recuerdo el momento exacto en el que nació mi amor por los ordenadores. Fue hace 20 años, cuando era alumno de secundaria en Biggin Hill, Reino Unido. El departamento de matemáticas acababa de adquirir un ordenador Commodore Pet. Me sentía tan deslumbrado como un urraco por el brillante colorido de los símbolos del teclado. A los pocos minutos de encender el aparato apareció en la pantalla, como por arte de magia, la proclama mecanografiada con gran entusiasmo por un novato: "¡Hola Mundo!".

Más o menos un año después, se lanzó al mercado el Sinclair ZX81 y convencí a mis padres para que me compraran este aparato maravilloso de 1K RAM, sin disco duro, con 8K ROM. En nuestro club informático del barrio, mis amigos y yo logramos domar estas pequeñas maquinas. Los conocimientos que adquirí en aquella época me han servido mucho desde entonces, primero como biólogo, y luego como Director de Bioinformática con CuraGen corp.


¿Cómo fui capaz de ir ascendiendo hasta lograr el cargo de 'Director'? Estudié la carrera de Ciencias celulares y moleculares, lo que más que nada resultó ser un nombre elegante para decir Bioquímica. Curiosamente, la estadística era una asignatura obligatoria durante dos de los tres años que duró la carrera. Así que tuve el placer de afrontar mi inteligencia contra un ordenador VAX que tenía el programa de estadística llamado Minitab.


Afortunadamente, le gané la partida al VAX, me licencié, y empecé a trabajar como técnico para el gobierno británico, donde mi trabajo consistía en perseguir el equivalente en los seres humanos de la enfermedad de las vacas locas. Mis conocimientos de la informática me permitieron efectuar los análisis del laboratorio sobre las consecuencias de las secuencias del gen PRION, conectándome vía telnet con el servidor del Massachusset Institute of Technology (MIT), que tenía un programa PARA el análisis de secuencias genéticas llamado Genetics Computer Group (GCG). Estos conocimientos me acompañaron cuando me mudé a Boston en 1999 para empezar mis estudios de doctorado en Farmacología molecular.


Descubrí con asombro hasta qué punto estaban cableadas las universidades norteamericanas y no pude resistirme ante las tentaciones que ofrecía el mundo de Internet. Pronto me convertí en uno de los principales protagonistas del grupo de noticias BioNet, donde me dediqué a la sección sobre los Métodos y Reagents. En 1994, leí un anuncio en una de las listas de correo virtuales sobre un nuevo entorno virtual denominado BioMOO. Un joven estudiante del Instituto Weizmann había creado un mundo virtual e invitaba a otros a participar con telnet. Pronto hice el login, y construí mi propio pequeño imperio, incluyendo un puerto para el programa Mailfasta utilizado en los análisis de secuencias por correo electrónico. Este fue el primer proyecto de programación en el que logré combinar mis conocimientos de biología, de análisis de secuencias y de ordenadores. Al poco tiempo de afiliarme a BioMOO, la red empezó a salpicarnos a todos, produciendo todo tipo de nuevas oportunidades para investigar.


Armado con herramientas para construir una página web, me propuse el objetivo de atraer visitantes a un sitio web propio. Con esta idea, creé un registro de empresas biotécnicas (Biotech Company Register - BCR), una página donde se registraban vendedores en el campo de las llamadas Life Sciences (un término norteamericano para las ciencias de medicina, biología, zoología, química, bioquímica, genética etc.) y empresas biotécnicas y farmacéuticas. Gestionaba la página Web en mi laboratorio de la Universidad de Boston, utilizando un Mac Classic II como servidor.


BCR tuvo tanto éxito que, siendo todavía estudiante de doctorado, decidí venderlo. Era el año 1995. Pero eso me creó un problema - ¿cómo iba a conseguir que ojos interesados viesen mi currículum vitae si no tenía mi propia página web? La respuesta era obvia: ¡tendría que crear otra! Entonces, aprovechando mis numerosos contactos en el campo de las life sciences, y el sector de diagnósticos y biotecnología, creé un nuevo sitio web llamado "Biotech Rumor Mill" (o en español: "el molino de los rumores sobre biotecnología"), un sitio único que permitía la publicación anónima de todo tipo de cotilleos y rumores relacionado con el campo. Pronto el número de usuarios empezó a crecer.


En pocos meses accedí a un proveedor de servicios de Internet (ISP). Y una vez instalado mi servidor en un ordenador "de verdad" de Sun, decidí comprar un libro sobre cómo aprender el lenguaje informático Perl en 30 días. Bueno, fueron necesarios 6 meses hasta que dominé los primeros 10 días del libro, y solo lo logré con la ayuda de los conocidos libros de Llama y Camel sobre Perl (llamados así por las imágenes de una llama y un camello que aparecen en la portada de sus libros). No obstante, aprender Perl mereció el esfuerzo. De hecho supuso la clave para mi gran oportunidad y mi transformación de biólogo a bioinformático.


Una noche, Jonathan Rothberg, empresario y presidente y consejero delegado de CuraGen Corp, navegó hacia mí y nos pusimos en contacto. Él estaba creando un grupo de bioinformática en CuraGen y le hacían falta biólogos. ¡Había llegado mi oportunidad! Mientras acababa mi Doctorado, trabajé como consultor para CuraGen. Doce meses más tarde, en 1997, me doctoré, y CuraGen me contrató como investigador, uno de los pocos biólogos contratados para el grupo de bioinformática. Mi primer proyecto era acabar el programa de análisis de secuencia CuraTools que había ya empezado cuando trabajaba con ellos desde la Universidad como consultor.


Desde el principio, mi éxito se debe a los fuertes vínculos formados con científicos (que descubren cosas) y la estrecha colaboración con ellos que nos ha permitido resolver problemas utilizando programas sencillos que ayudan a automatizar sus tareas de descubrimiento. He seguido esta estrategia durante los últimos 3 años y, en la actualidad, dirijo el grupo de bioinformática de CuraGen dedicado a la espersión genética, el análisis de secuencias, el desarrollo de medicamentos y el apoyo a la bioinformática.

Algunos consejos para posibles bioinformáticos:

  • Aprender el uso básico de Perl, HTML y bases de datos relacionadas (yo todavía tengo para dominar este último).
  • Si acaba de hacer un Master en bioinformática o informática, realice algunos proyectos personales de programación. Esto supondrá una ventaja cuando mande una solicitud para un puesto en el sector de la bioinformática.
  • Descargue bases de datos y software del National Center for Biotechnology Information y familiarícese con el análisis de secuencias, el análisis de expresión y otras formas de manipulación de datos genómicos.
  • Intente trabajar para una pequeña empresa si sus conocimientos sobre programación son limitados. Por necesidad, sus limitaciones se pasarán por alto.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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